在刑法墮胎罪的規定下，過去人工流產並不合法。1984年本會發動七個婦女團體與154位女性連署「墮胎合法化的意見書」，送入立法院，促使立院通過優生保健法，使女性能夠自主決定生育、合法進行人工流產。台灣當時仍處於戒嚴管制下，1979年美麗島事件的政治迫害陰影猶存，婦女新知1982年剛成立不久就勇敢發聲，成功爭取女性權益。

捍衛生育自主權，不容限縮：2003年宗教團體請立委提案修法，欲逼使女性到醫療院所墮胎時應強制接受諮商，並須在六天思考期之後才可進行手術。2006年10月18日行政院院會通過的「生育保健法」草案中增訂「墮胎前強制諮詢及三天思考期」條文，未經行政院婦權會同意就逕送立法院，行政院婦權會四位民間委員辭職以示抗議，其中兩位教授為本會董事，引起媒體頭版大幅報導。

本會、台女連等各婦團發動連署抗議、聯合召開記者會。2006年12月11日立法院召開公聽會，本會與各婦團、學生社團共同抗議行政院版及宗教團體請立委提案的版本，痛批政府別把女人當白痴，當女性決定走進醫院診所墮胎前，已經歷長時間的思考，如果再以法律強制諮詢並另設「思考期」，只會延誤時機，尤其在醫療資源不足地區，要求女性因所謂「思考期」來回奔波，更讓女性面臨不安全的人工流產環境。在民間團體強烈抗議下，保守草案冷凍無進度。