公司雇主或當地主管機關在接獲案件通報後，公司雇主與受僱者的代表必須共同組成「申訴處理委員會」，需注意委員會組成人數的男女比例，工作場所所在當地的縣市勞工局則由性別平等委員會來處理。申訴處理委員會或性別平等委員會在接獲申訴案件開始的3個月之內，必須進行調查並決定此申訴案件是否成案，其所作出的決議必須附上詳細的理由說明，並且以書面方式通知申訴人與騷擾者。

雇主處理申訴時應注意保密原則，保護當事人隱私，避免二度傷害。如果雇主認為當事人有需要心理輔導或接受醫療時，可以引介專業輔導或醫療機構。如果經過委員會調查，認定性騷擾行為屬實的話，雇主應視情節輕重，對騷擾者做出適當的懲戒或調職、要求道歉等處理。如經證實為誣告，也可對申訴人做出適當的懲戒或處理。事件過後，雇主也應採取追蹤、考核及監督，確保懲戒或處理措施有效執行，並避免相同事件或報復情事發生。（詳見勞動部所訂定的「工作場所性騷擾防治措施申訴及懲戒辦法訂定準則」）

《性別平等工作法》規定，如果雇主沒有盡到這些義務，將會受到國家的懲處。以下為相關法條：

第 27 條：受僱者或求職者因第十二條之情事，受有損害者，由雇主及行為人連帶負損害賠償責任。但雇主證明其已遵行本法所定之各種防治性騷擾之規定，且對該事情之發生已盡力防止仍不免發生者，雇主不負賠償責任。如當事人依前項但書之規定不能受損害賠償時，法院因其聲請，得斟酌雇主與當事人之經濟狀況，令雇主為全部或一部之損害賠償。 雇主賠償損害時，對於為性騷擾之加害人，有求償權。

第 28 條：受僱者或求職者因雇主違反第十三條第二項之義務，受有損害者，雇主應負賠償責任。

第 29 條：前三條情形，受僱者或求職者雖非財產上之損害，亦得請求賠償相當之金額。其名譽被侵害者，並得請求回復名譽之適當處分。

第 38 條：雇主違反第十三條第一項後段、第二項、第二十一條或第三十六條者，處新臺幣一萬元以上十萬元以下罰鍰。